Kabla ya Mapinduzi ya Zanzibar ya Januari 12, 1964 Nyanja zote kuu za kiuchumi zilimilikiwa na Mabepari wa Kikoloni. Wananchi wazalendo wa visiwa vya Zanzibar hawakuwa na hisa wala mgao katika uchumi wa Taifa lao. Mapinduzi haya pamoja na malengo mengine yalilenga kurudisha uchumi chini ya mamlaka ya wananchi ili waweze kunufaika na uchumi wa nchi yao. Hivyo baada tu ya Mapinduzi, Nyanja kuu zote za uchumi zilitaifishwa na kuwa chini ya Serikali hali iliyopelekea kuundwa kwa taasisi zinazohusika na kuratibu masuala ya Fedha, Uchumi na Maendeleo ya Zanzibar kwa ujumla.
Taasisi inayoshughulikia fedha, uchumi na mipango ya maendeleo ni moja kati ya taasisi zilizoanzishwa tokea mwanzoni mwa Serikali ya Mapinduzi ya Zanzibar. Tokea mwaka 1964 hadi sasa, muundo wa taasisi hizi umekuwa ukibadilika ili kuendana na wakati, mahitaji na matarajio ya Serikali ya Mapinduzi Zanzibar. Utekelezaji wa shughuli za taasisi hizi umekuwa ukizingatia jinsi majukumu yalivyoainishwa katika hati ya majukumu ya Serikali.
Katika miaka ya 1964 – 1973, taasisi hizi zilikuwa zinafanya kazi kama Ofisi inayoshughulikia fedha chini ya Afisi ya Mwenyekiti wa Afro Shirazi Party (ASP) Kazi zote za Fedha. Vile vile shughuli za Uchumi na Maendeleo ya nchi nazo zilikuwa chini ya Afisi ya Rais Kazi maalum. Mnamo miaka ya 1974, Taasisi iliyokuwa inashughulikia masuala ya Fedha ilikuwa na maeneo mawili makuu ambayo ni Hazina iliyokuwa inashughulikia masuala ya fedha, mapato na matumizi na masuala ya maendeleo yalikuwa chini ya uratibu wa Ofisi Kuu ya Kazi za Maendeleo (OKM). Katika kutekeleza kazi za mipango na maendeleo, chombo maalum cha Tume ya Mipango kiliundwa ili kusimamia maandalizi na utekelezaji wa mipango pamoja na kutoa ushauri. Mwaka 1975 Tume ya Mipango ilikuwa kama Idara ndani ya Ofisi ya Kazi za Maendeleo hadi mwaka 1978 ilipoundwa upya na kuitwa Tume ya Kudumu ya Mipango (TKM) kama chombo kinachojitegemea.
Kuanzia mwaka 1978, Taasisi za Fedha na Mipango ziliunganishwa na kufanya Wizara moja iliyojulikana kwa jina la Wizara ya Nchi Afisi ya Rais Fedha na Mipango.
Kufikia mwaka 1982 taasisi hizi ziligawika na kuundwa wizara mbili tafauti; Wizara ya Fedha na Wizara ya Nchi
Afisi ya Rais Mipango kati ya miaka 1984 na 1987, taasisi hizi ziliendelea kuwa tofauti chini ya Mawaziri na Makatibu tofauti kama inavyoonekana katika Sura ya Tatu.
Katika mwaka 1988, Wizara ya Mipango na Wizara ya Fedha ziliunganishwa tena na kuwa Wizara ya Fedha na Mipango. Wizara hii iliundwa na taasisi tatu kuu za Idara ya Baraza la Mipango (Planning Council); Kamati ya Uchumi ya Baraza la Mapinduzi (Economic Committe of Revolutionary Council); na Tume ya Mipango (Planning Commission) zilizokuwa zinasimamia masuala ya uchumi na mipango ya maendeleo nchini. Katika miaka iliyoanzia 1988, kulitokea mabadiliko ya mfumo wa kiuchumi yaliyopelekea Wizara za Serikali kupewa mamlaka ya kusimamia na kuratibu mashirika ya Serikali kwa lengo la kuongeza ufanisi.
Wizara ya Fedha na Mipango ya Maendeleo ilikabidhiwa Idara ya Mapato ya Serikali ambayo jukumu lake la kwanza ni kusimamia ukusanyaji wa mapato kutoka vianzio vyote vya ndani na kuhakikisha kuwa shughuli hii inatekelezwa kwa ufanisi ili kukidhi mahitaji ya matumizi ya Serikali. Jukumu la pili ilikuwa ni kufanya tathmini juu ya kuanzisha vianzio vyengine pamoja na kutoa ushauri ipasavyo juu ya uimarishaji wa ukusanyaji wa mapato. Mabadiliko haya yalipelekea kuundwa kwa Idara za Idara ya Bajeti na Udhibiti; Idara ya Vitega Uchumi; Idara ya Utawala na Uendeshaji; Idara ya Fedha za Nje; Idara ya Hazina; Shirika la Bima na Benki ya Watu wa Zanzibar.
Mnamo mwaka 1989 mabadiliko yalitokea kwa kubagua majukumu ya Wizara ya Fedha na Mipango. Wizara ya Fedha iliendelea kushughulikia mambo ya fedha tu wakati shughuli za mipango zilirejea tena kusimamiwa na Wizara ya Nchi Afisi ya Rais Mipango.
Kwa miaka ya 1990 – 2000, utekelezaji wa shughuli za fedha na mipango ziliendelea kuwa tofauti kwa kuwepo Wizara inayoshughulikia Fedha na Ofisi ya Rais, Mipango na Vitega Uchumi iliyokuwa ikushughulikia mipango ya Kitaifa na Uwekezaji Nchini. Muundo wa Wizara kuanzia mwaka 2000-2010 uliziunganisha taasisi hizi mbili na kuwa Wizara ya Fedha na Uchumi ambapo kulikuwepo na Idara kumi na moja na kusimamia taasisi tisa zinazojitegemea.
Kufuatia matokeo ya uchaguzi mkuu wa mwaka 2010 uliomuweka madarakani Dr. Ali Mohammed Shein kuwa Rais wa Zanzibar, Taasisi hii ilibadilishwa jina na kuwa Ofisi ya Rais, Fedha, Uchumi na Mipango ya Maendeleo yenye Idara kumi na moja na kusimamia Taasisi tisa zinazojitegemea.